Der Kibbuz wurde
1943 gegründet; benannt wurde er nach dem Anführer des Aufstands im
Warschauer Ghetto, Mordechai Anilewitz (Bedeutung etwa: "Denkmal Mordechais"). Ein Museum beschäftigt sich mit dem Ghettoaufstand.
Eine wichtige Rolle spielte Yad Mordechai im israelischen Unabhängigkeitskrieg (auch
Palästinakrieg) im Jahr
1948. Den Bewohnern des Ortes gelang es im Mai 1948, ein vorrückendes feindliches
ägyptisches Bataillon mit der 15-fachen Kopfstärke fünf Tage lang aufzuhalten und sich schließlich zurückzuziehen. Währenddessen hatten die israelischen Truppen Zeit, sich nochmal zu sammeln. Eine Installation erinnert an diesen Kampf.